Tim (Stimme im Original: James Marsden) und sein kleiner Bruder, das ehemalige Boss Baby Ted (Alec Baldwin), sind mittlerweile erwachsen und haben sich auseinandergelebt. Während Ted als CEO einen Hedgefonds managt, lebt Tim mit seiner Frau Carol (Eva Longoria) und den beiden gemeinsamen Töchtern in einer Vorstadt: Die siebenjährige Tabitha (Ariana Greenblatt) ist hochintelligent und geht in eine besondere Schule, das Acorn Center for Advanced Childhood, um so erfolgreich wie ihr Onkel Ted zu werden. Tina (Amy Sedaris) ist hingegen ein supersüßes Baby, doch weil sich Tim immer mehr Sorgen um die Karriereversessenheit von Tabitha macht, enthüllt Tina eines Tages, dass sie sprechen kann und eine Undercover-Agentin der BabyCorp ist, so wie es einst auch Ted war. Gemeinsam mit den wiedervereinten und zu Kind bzw. Baby verjüngten Tim und Ted möchte sie Dr. Armstrong (Jeff Goldblum), dem Gründer von Tabithas Schule, das Handwerk legen…